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Google DeepMind Science Skills ​

Google DeepMind Science Skills（google-deepmind/science-skills）是 Google DeepMind 官方出品的一组面向科学研究任务的 AI agent 技能集，遵循 agentskills.io 开放格式，软件部分 Apache-2.0 开源。它把结构生物学、基因组学、化学与药物、文献检索、序列分析、分子可视化等领域的科研工作流，打包成可按需调用的技能——从「给我这个 UniProt ID 的 AlphaFold 结构并分析 pLDDT」（alphafold_database_fetch_and_analyze），到「分析这个变异对基因表达的影响」（alphagenome_single_variant_analysis），再到「搜 arXiv/bioRxiv 文献」「拉 ClinVar/gnomAD/dbSNP 变异注释」「用 PyMOL 渲染蛋白结构」。不是通用 prompt，而是 DeepMind 科研团队沉淀的、有明确触发条件与领域分类的科研工具集，覆盖 38 个 skill。

评价 ​

优点

  • 官方沉淀：Google DeepMind 出品，覆盖 AlphaFold DB / AlphaGenome / Foldseek / RCSB PDB / UniProt 等核心科研数据库与工具
  • 领域全：38 个 skill 横跨结构生物学、基因组学、化学与药物、文献检索、序列分析、分子可视化、API 凭据管理
  • 工作流导向：每个 skill 有 SKILL.md 主指令 + scripts/ 辅助脚本 + references/ 支撑文档；脚本统一用 uv run 隔离依赖
  • rate-limit 内建：脚本自动 enforce 各数据库 API 的速率限制（如 arXiv 1 req / 3s），不用自己写节流
  • 凭据安全：credentials skill 用统一协议管理 API key（AlphaGenome / OpenAlex 必须、ClinVar 等可选）
  • Antigravity 集成：装 Google Antigravity 后，首次触发科研技能自动装 uv 依赖管理器

缺点 / 边界

  • 各数据库许可异：Apache-2.0 仅覆盖 skill 软件本身，调用的数据库（AlphaFold DB / gnomAD / ClinVar / ENCODE 等）各有自己的许可与使用条款，使用者需自行合规
  • API key 门槛：AlphaGenome、OpenAlex 必须有 key；部分数据库（ClinVar）有 key 可提速率
  • 偏生物学/医学：覆盖的数据库几乎全是生命科学领域，物理/化学/材料科学覆盖薄（仅化学信息学 ChEMBL/PubChem/openFDA）
  • 强依赖 uv：所有脚本经 uv run，首次装约 10s 拉依赖
  • 不是 AlphaFold 模型本身：alphafold_database_fetch_and_analyze 只查 DB 已预测结构，不能对自定义序列跑推理

适用场景 ​

  • 拿 UniProt ID 查 AlphaFold 预测结构、读 pLDDT 置信度、判刚性域边界
  • 分析非编码区变异对基因表达/染色质/剪接的影响（AlphaGenome）
  • 搜学术文献与预印本（arXiv / bioRxiv / Europe PMC / OpenAlex）
  • 查变异临床意义、群体频率、调控元件（ClinVar / gnomAD / dbSNP / ENCODE cCREs / JASPAR / GTEx）
  • 化学信息学检索（ChEMBL / PubChem / openFDA）
  • 用 PyMOL 渲染蛋白结构图（cartoon / surface / pLDDT 着色 / 配体互作）
  • 多序列比对、序列相似性搜索、NCBI/Ensembl/UniProt 序列检索

边界 ​

  • 软件 Apache-2.0 ≠ 数据自由：每个数据库有独立许可，需查 SKILL_LICENSES.md
  • AlphaGenome 必须有 API key：免费但需在 DeepMind 站注册
  • 不能跑 AlphaFold/AlphaGenome 推理：skill 只调数据库/API，不在本地跑模型
  • rate-limit 严格：如 arXiv 1 req/3s、很多 API 有日配额，大批量需分页慢拉
  • PyMOL 软件渲染：用 OSMesa 无需 GPU，但大表面渲染慢且占内存

官方文档 ​

Science Skills 仓库 ｜ Antigravity Science 用例 ｜ DeepMind 技术报告 ｜ skills.sh · deepmind

GitHub 地址 ​

google-deepmind/science-skills（Apache-2.0，数据源各库独立许可）

内容地图 ​

  • 入门 —— npx skills add / Antigravity 安装、38 skill 速览、uv 与 API key 前置
  • 指南 —— 按科研领域（结构生物学/基因组/化学药物/文献/序列/可视化）+ 工作流 + 反模式
  • 参考 —— 38 skill 全表（按领域）+ 许可 + 安装 + 目录结构

幻灯片地址 ​

Google DeepMind Science Skills

测试题 ​

Google DeepMind Science Skills 测试题